Game kể về chuyến phiêu lưu của Honoka, mộtninja được đào tạo bài bản và cũng là một nhân viên tình báo CIA xuất sắc. Cô là con gái của Joe Mushashi – huyền thoại lừng danh trong phiên bản đầu tiên của Shinobi – và Catherine.
Dưới sự đào tạo của Silver Fox – mộttrong tứ đại thiên vương (Oboro Clan) – và sự dẫn dắt của Diana, cô dần dần khám phá ra sự thật về cái chết của cha mình. Để tìm ra sự thậtđó, cô đã phải đương đầu với các thành viên còn lại của Oboro clan, đó là: Black Snake, Dragon Mask…
Hành trình của Honoka được chia thành nhiều màn chơi khác nhau và lối cũng chẳng giống nhau. Vũ khí chính của cô là 3 thanh kiếm được thừa kế từ người cha quá cố, mang trong mình sức mạnh của Mộc, Hỏa, Thủy. Sử dụng những thanh kiếm này và tiêu diệt các mục tiêu một cách hợp lí để thăng cấp cho chúng….
Còn đợi gì mà không bắt tay ngay vào cuộc chiến khốc liệt này….